Bir gün Mikayıl Müşfiqin evinə başqa şairlər dəvət olunur. Hamı gülüb-danışır, sevinc içində mənzil sahibinin satirik şeirlərinə və meyxanalarına qulaq asır. Qonaqlar dağılışandan sonra şairin müəllimi Abdulla Şaiq ona ehtiyatlı olmağı və heç kimə inanmamağı məsləhət edir. Həmin görüşdən bir müddət sonra, Yazıçılar İttifaqının iclasında, dövrü mətbuatda Müşfiqə qarşı sərt tənqidlər təşkil olunur. Onu şeirlərinə görə əks-inqilabçı, kontrabandçı adlandırırlar. Müşfiqə qarşı şairlər tərəfindən belə hücumlar bir neçə dəfə baş verir.
Bir müddət sonra, 4 iyun 1937-ci ildə Mikayıl Müşfiq öz evində həbs edilir. 27 may 1937-ci ildə təhlükəsizlik kapitanı Çinmanın tərtib etdiyi arayışda göstərilirdi : “Mikayıl Müşfiq Qədir oğlu İsmayılzadə hal-hazırda Müsavat gənclər təşkilatı ilə əlaqə saхlayır. O, partiya və hökumətin ünvanına böhtanlar deməkdən çəkinmir. Bundan əlavə M.Müşfiq - “Azərbaycanın öz azadlığı yoхdur, o, Rusiyanın koloniyasında yaşayır” kimi qızışdırıcı sözləri ilə хalqın arasında narazılıq yaratmaq istəyir”. [Aslan Kənan. XX əsrdə repressiyaya məruz qalanlar Bakı–2011]
5 yanvar 1938-ci ildə SSRİ Ali Məhkəməsinin 20 dəqiqəlik məhkəmə iclası Müşfiq barəsində güllələnmə qərarı verir. Yanvarın 6-da 29 yaşlı Mikayıl Müşfiq “xalq düşməni” kimi güllələnir. Hökmün Nargin (Böyük zirə) adasında icra olunduğu, cəsədin isə dənizə atıldığı barədə məlumat yayılmışdır. Şairin Bayıl qəbiristanlığında dəfn olunduğu da deyilir. Bəzi mənbələrə görə isə, Müşfiqi Mircəfər Bağırovun yaşadığı De Burun sarayının (Niyazi küçəsi 9) divarına diri-diri hörüblər.
Şairin yoldaşı Dilbər xanım “vətən хaininin” həyat yoldaşı kimi həbs edilir, 1939-cu ildə sinir xəstəliyi səbəbindən azad olunur. Şairin böyük bacısı həbs olunmamaq üçün özünü yandırır, balaca bacısı isə Arxangelskə (Rusiya) sürgün edilir.
23 may 1956-cı ildə SSRİ Ali Məhkəməsinin qərarına əsasən, Mikayıl Müşfiq, ölümündən 18 il sonra bəraət almışdır.
