Şeyxülislam Zeynalabdin Əlizadə 22 oktyabr 1871-ci ildə Bakının Pirşağı qəsəbəsində, ruhani ailəsində anadan olub.
Zeynalabdin ilk təhsilini İçərişəhərdə yerləşən mədrəsədə alıb. O, Bağdad Universitetinin ilahiyyat fakültəsini bitirdikdən sonra Nəcəf şəhərindəki Ali Dini Universitetdə təhsil alıb.
Axund Ağa 1903-cü ildə 32 yaşında Təzəpir məscidinə axund təyin edilib, 1904-cü ildə isə Qafqaz müsəlmanları Şiə Ruhani İdarəsinin üzvü seçilib. Ağa Əlizadə 1907-ci ildə Bakıda “Səadət” Müsəlman Ruhani Cəmiyyəti yaradıb və onun sədri olub. Cəmiyyətin fəaliyyətində yazıçı Nəcəf bəy Vəzirov, milyonçular İsa bəy Aşurbəyov, Hacı Zeynalabdin Tağıyev və başqa elm, mədəniyyət və din xadimləri iştirak ediblər. [Qılman İlkin. Bakı və bakılılar. Bakı-2006]
1917-ci ildə Ağa Əlizadə ilə Təzəpir məscidində görüşən N.Nərimanov ondan xahiş etdi ki, Nargin adasında dözülməz şəraitdə saxlanılan türk əsgər və zabitlərinə kömək etsin. Bundan sonra cümə namazına gələn Axund Ağa Əlizadə əhaliyə əsgərlərin ağır vəziyyəti haqqında məlumat verdi. Yüzlərlə insan Təzəpir məscidinə gələrək türk əsgərlərinə ərzaq, pul və dərmanla yardım etməyə başladılar.
1918-ci ildə Ağa Əlizadə Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin sədri və şeyxülislam seçildi: “Bakı Soveti rəhbərliyi Ağa Əlizadədən Azərbaycan torpaqlarını bolşevik-daşnak qüvvələrindən azad etməyə gələn türk əsgərlərinin hərəkətlərini lənətləyən fətva verməyi tələb edirdi…Axund Ağa Əlizadə onların bu tələbini rədd etdi. Sentyabrın ortalarında Qafqaz İslam Ordusu və onun 29 yaşlı komandanı Nuru Paşa Bakı şəhərini bolşeviklərdən azad etdi. Bakı əhalisinin xahişi ilə Axund Ağa Əlizadə Qafqaz İslam Ordusunun komandanı Nuru Paşanı sentyabrın 16-da Təzəpir məscidinə dəvət etdi…” . [Cümhuriyyətin və sovet dövrünün Şeyxülislamı. Bakı-2011]
Ağa Əlizadə 1920-ci ilə qədər şeyxülislam vəzifəsini tutdu. 1920-ci ildə isə Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsi ləğv olundu və o, vəzifəsindən azad edildi. 1944-cü ildə idarənin fəaliyyəti bərpa edildi və Axund Ağa yenidən Qafqaz şeyxülislamı seçildi. Bundan sonra o, dünyanın bir çox ölkələrində təşkil olunmuş konfranslarda iştirak edib və Sovet müsəlmanları adından nitq söyləyib. [Cavid Zeynallı. Cümhuriyyətimizin Şeyxülislamı və ya “İstiqlal hər bir şəxsiyyətə lazımdır”. 525-ci qəzet.-2018.- 28 iyul.- S.14.]
Ağa Əlizadə 15 dekabr 1954-cü ildə 84 yaşında Bakıda vəfat edib. Pirşağıda şeyxülislamın adını daşıyan küçə var.