Bakı xan sarayı İçərişəhərdə, Bakı qalasının Şamaxı (Qoşa qala) qapısının sol tərəfində yerləşir. Ehtimal olunur ki, bu saray XVIII əsrdə, Bakı xanları nisbi müstəqillik əldə etdikləri zaman inşa edilib. [Саламзаде А.В. Архитектура Азербайджана XVI-XIX вв. Баку-1964]
Saray Şərqi Avropa üslubunda tikilmiş, divarları rəsmlərlə, tavanları isə bitki ornamentləri və döyüş səhnələri ilə bəzədilmişdir. 1857-ci ildə Bakı xan sarayı haqqında Prussiya (Şərqi və Mərkəzi Avropada tarixi dövlət) və Rusiya dövlət xadimi Avqust fon Haksthauzen yazıb: "Qalada Bakının sonuncu müstəqil xanı olan Hüseynqulu xanın sarayı vardır. Mərkəzində böyük darvaza yerləşən bu böyük dördbucaqlı kompleks hazırda komendantın evidir və Avropa zövqü ilə bəzədilmişdir". [Август фон Гакстгаузен. Закавказский край. Заметки о семейной и общественной жизни и отношениях народов, обитающих между Черным и Каспийским морями. Часть II. Санкт-Петербург-1857]
Sarayın XIX əsrə aid planlarında beş həyət ətrafında qruplaşdırılmış geniş bir yaşayış kompleksinin olduğu göstərilir. Vaxtı ilə bu ərazidə hovuzlu bağça olub. Sarayın ətrafında ayrı müdafiə divarları olmayıb. Bir tərəfdən kompleks Bakı qalasının Şamaxı qapısına yaxın idi, digər tərəfdən isə evin divarları dəniz sahilinə çıxırdı. [Саламзаде А.В. Архитектура Азербайджана XVI-XIX вв. Баку-1964]
Bakı xanlarının sarayında I Mirzə Məhəmməd xan (1747-1768), Məlik Məhəmməd xan
(1768-1784), II Mirzə Məhəmməd xan (1784-1791), Məhəmmədqulu xan (1791-1792), Hüseynqulu xan (1792-1806) yaşamışlar. [https://icherisheher.gov.az/az/75-baki-xanlarinin-sarayi/]
Bakı xan sarayı ərazisində arxeoloji tədqiqatlar ilk dəfə 1985-ci ildə aparılıb. Nəticədə kompleks ərazisində maddi-mədəniyyət nümunələri, yeraltı hamam, su kəhriz sistemi aşkarlanıb.
2018-2022-ci illərdə Bakı xan sarayı kompleksinə daxil olan binalar bərpa olunub. [https://icherisheher.gov.az/az/project/29]