3 oktyabr 1806-cı ildə Bakı xanlığı çar Rusiyası tərəfindən işğal olunub. Bu, XIX əsrdə Bakı xanlığını işğal etmək üçün ikinci ekspedisiya idi. 1806-cı ilin fevralında Bakını zəbt etmək istəyən Sisianov Hüseynqulu xan və onun məiyyəti tərəfindən öldürülür.
Bu hadisədən sonra rus qoşunları hücuma keçmək əvəzinə, gözlənilmədən geri çəkilirlər. Lakin 1806-cı ilin oktyabrında rus generalı Sergey Bulqakov, qoşunları ilə şəhərə yaxınlaşaraq, sakinləri rus imperatorunun mərhəmətinə təslim olmağa dəvət edir, əks halda isə “məğlubedilməz qoşunlarla şəhərin təməlini sarsıtmaqla” sakinləri hədələyir.
Düşmənə müqavimətin mümkünsüzlüyünü anlayan Hüseynqulu xan xanlığın atributlarını yoldaşı Kazım bəy ilə Bulqakova göndərir, özü isə Bakını tərk edib ailəsi ilə birlikdə Qacarlar dövlətinə sığınır. Lakin gecə şəhərə yaxınlaşan Bulqakovun oğlu və Kazım bəy insanların Bakını tərk edib dağlara yollandıqlarını görürlər. Xanın xalqa Kürün o tayında yeni yerlər verməyə vəd etdiyini öyrənən gənc Bulqakov onların arxasınca getməyə və onları yenidən razı salmağa qərar verir və camaatın şəhərə qayıtmağına nail olur. 3 oktyabrda isə general şəhərə daxil olur və bununla da Bakı komendant tərəfindən idarə olunan əyalətə çevrilir.
1813-cü ildə imzalanmış Gülüstan müqaviləsinə əsasən, Bakı xanlığının Rusiya tərəfindən ilhaqı rəsmiləşdirildi. 1826-cı ildə Hüseynqulu xan qacar qoşunlarının tərkibində ruslara qarşı hərbi əməliyyatlarda iştirak edərək Bakı xanlığını bərpa etməyə cəhd etsə də, bu cəhd uğursuz olub.
